抗生素治不好的發炎性腸道疾病，可以用糞便中的好菌來治療！一名19歲大學女生，因潰瘍性結腸炎控制不佳，反覆感染困難梭菌，雖然抗生素治療有效，但2年內反覆復發3次，導致腸道發炎及潰瘍加重，每天拉肚子超過5次，嚴重影響生活。經大腸鏡微菌治療後3個月，不僅困難梭菌感染痊癒，腸道發炎也顯著改善，排便習慣恢復正常，內視鏡檢查結果顯示黏膜完全癒合。
另有一名58歲林女士，因慢性鼻竇炎長期使用抗生素，導致慢性腹瀉、腹痛及間歇性血便等症狀，最慘每天10次以上，持續超過4個月且治療效果不佳，轉診長庚微菌治療特別門診，確診困難梭菌感染導致偽膜性腸炎，使用抗生素治療未見顯著效果。接受經大腸鏡植入微菌治療1個月後，病情顯著改善且無復發。
腸道菌叢失衡恐致發炎性疾病
林口長庚醫院副院長邱政洵表示，腸道微菌叢是指人體腸道內的微生物，腸道微菌叢與各種疾病發展及器官運作有密切關係，如免疫系統、呼吸系統、腸腦軸、腸肺軸等。許多國外研究指出，發炎性腸道疾病患者接受微菌治療，超過6成以上症狀獲改善，並有助於控制腸道黏膜炎症。
林口長庚醫院微菌治療中心暨發炎性腸道疾病中心主任李柏賢表示，腸道微菌叢有如「隱形的器官」在體內扮演促進健康的角色，若失衡易導致發炎性腸道疾病，包括克隆氏症（Crohn's Disease ）及潰瘍性結腸炎。病人因腸道黏膜長時間發炎破損，統計困難梭菌感染在克隆氏症及潰瘍性結腸炎的發生率，超過正常人的2.4倍及8.3倍。
李柏賢說明，腸道微菌叢在臨床上可應用於微菌治療，也就是從健康人的糞液中篩出腸道好菌，透過大腸鏡直接移植到病人腸道內來治療疾病，植入後側躺30分鐘使腸道內好菌平均分布，就可以回家正常飲食生活，能使嚴重腹瀉等症狀獲立即改善，並逐漸康復。不過目前仍屬於自費醫療，每次移植費用為4～6萬。
衛福部自2018年起開放適應症，長庚醫院至今已完成218例微菌治療，病人年齡範圍涵蓋3至99歲，治療成功率達9成1，且10週內復發率明顯低於抗生素治療，而所有案例中約3成為發炎性腸道疾病患者，在接受微菌治療後，不僅有效清除細菌，還能控制腸道的炎症反應，其單次治療成功率不亞於非發炎性腸道疾病患者。
李柏賢說明，為儲存糞便中的好菌，長庚醫院目前也設有「微菌銀行」機制，捐贈民眾須完全通過微菌叢全基因定序檢測，進行包含免疫系統、細菌、病毒、抗藥性基因等高規格檢測後，採檢其糞液好菌用於臨床治療，常備庫存約10～20人份，成為治療反覆性及頑固性困難梭菌感染的最佳後盾。
地中海飲食維持腸道好菌
李柏賢表示，糞便細菌的合格捐贈者目前以健康大學生為主力，更發現部分超級捐贈者，腸道各種好菌的比例較為均衡。他呼籲，無論是捐贈者或受贈病人在治療後，皆應保持良好生活習慣，盡量避免高糖、高油脂的西化飲食，飲食習慣上建議採取「綠色地中海飲食」，才能常保腸道好菌維持健康。
邱政洵指出，微菌治療不僅可以用於治療發炎性腸道疾病，在提升癌症免疫治療效果、巴金森氏症、自閉症、腸躁症、減重、脂肪肝肝炎、失眠、癲癇、移植後排斥等現代醫學難治性疾病上的潛力，也得到了許多研究的支持，有待更多臨床試驗證實。
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